傳統淺坪式魚塭的水太淺，冬天水溫和氣溫相當，只要寒流一來，虱目魚容易受寒甚至死亡，因此在冬天前，漁民會將沒有捕撈上市的魚趕進「越冬溝」內，越冬溝的水很深，能保持足夠水溫，讓虱目魚熬過寒冷的冬天。然而，近年來溫室效應的影響，加深魚塭深度與加高水深，也具有越冬溝的功能。
深水式養殖魚塭在冬天也能養殖但是魚不成長，等待下一年溫度回升時期就可成長與採收。
養殖前將魚塭池水放乾，曝曬池底以達到消毒效果，並且撒上米糠當作肥料，促進池底藻類生長。
清明節之前放養進口苗，清明節之後放養國產苗。當虱目魚苗長到特定大小時，將魚苗放入養殖魚塭中。
全年都有養殖，不過主要的成長期是4-11月。投料桶是儲存飼料的地方，會在固定時間，透過投料管將飼料投進魚塭中，餵食虱目魚。
全年都有收成，不過主要的盛產期是7-11月。收成時，漁民們得分工合作，分別將漁網兩端往岸上拉，接著將漁網捲成螺旋狀，就能從漁網中取出虱目魚。
冬天時，若還有虱目魚還未成熟，會將魚隻引入越冬溝繼續養殖，因為水溝夠深，池底能保持較高水溫。此外，還會在越冬溝的北邊建立擋風屏，阻擋冬天寒冷的北風。近年來溫室效應的影響，加深魚塭深度與加高水深，也具有越冬溝的功能。
